Od 1. marca 2002 sa zavádza definícia neziskovej organizácie, určenie tzv. prioritného majetku v súvislosti s premenou štátnych rozpočtových a príspevkových organizácií na neziskové organizácie poskytujúce všeobecne prospešné služby. Od 1. marca registrový úrad zaregistruje neziskovú organizáciu a neskúma splnenie podmienok na poskytovanie služieb upravených osobitnými právnymi predpismi.

Zákon č. 213/1997 Z. z. v znení zákona č. 35/2002 Z. z. definuje neziskovú organizáciu poskytujúcu všeobecne prospešné služby ako právnickú osobu, ktorá poskytuje všeobecne prospešné služby za vopred určených a pre všetkých používateľov rovnakých podmienok a ktorej zisk sa nesmie použiť v prospech zakladateľov, členov orgánov ani jej zamestnancov a musí sa použiť v celom rozsahu na zabezpečenie všeobecne prospešných služieb. Novela č. 35/2002 Z. z. zaviedla definíciu neziskovej organizácie tak, aby boli zrejmé obidva základné definičné znaky tejto právnej formy, a to poskytovanie všeobecne prospešných služieb ako predmet činnosti neziskovej organizácie a neziskovosť ako základné kritérium fungovania neziskovej organizácie.

Princíp neziskovosti
V porovnaní s pôvodnou právnou úpravou sa definícia neziskovej organizácie doplnila o princíp neziskovosti. Vyjadrenie tohto princípu v definícii má význam najmä z toho dôvodu, že odlišuje neziskovú organizáciu od podnikateľských subjektov, ktoré tiež môžu poskytovať podobné služby. Podstata princípu neziskovosti spočíva v tom, že hoci nezisková organizácia môže okrem poskytovania všeobecne prospešných služieb vykonávať samostatne vo vlastnom mene a na vlastnú zodpovednosť aj ďalšiu činnosť za účelom dosiahnutia zisku, táto jej činnosť nesmie priamo či nepriamo viesť k materiálnemu prospechu jej zakladateľov, členov orgánov ani zamestnancov. Zisk po zdanení musí nezisková organizácia použiť na poskytovanie všeobecne prospešných služieb, pre ktoré bola založená.

Všeobecne prospešné služby
Novela zákona upravila oblasť všeobecne prospešných služieb len príkladmo. Pod všeobecne prospešnými službami zákon rozumie najmä poskytovanie zdravotnej starostlivosti, poskytovanie sociálnej pomoci a humanitnú starostlivosť, tvorbu, rozvoj, obnovu a prezentáciu duchovných a kultúrnych hodnôt, tvorbu a ochranu životného prostredia, služby na podporu regionálneho rozvoja a zamestnanosti, zabezpečovanie bývania, správy, údržby a obnovy bytového fondu. Zmena sa zrealizovala z dôvodu, že pojem "všeobecne prospešné služby" je veľmi dynamický a jeho vecná stránka bude vždy flexibilná. Demonštratívne vymedzenie všeobecne prospešných služieb umožní neziskovým organizáciám pôsobiť v širokom rozsahu aktivít prinášajúcich verejnosti všeobecný prospech.

Vznik neziskovej organizácie
Nezisková organizácia vzniká registráciou na krajskom úrade. Súčasťou návrhu je zakladateľská listina, štatút a čestné vyhlásenie zakladateľov. Inštitút "zakladateľskej zmluvy" sa novelou zákona nahradil inštitútom "zakladacej listiny". V praxi sa ukázalo, že nie je potrebné a ani vhodné, aby zakladatelia na založenie neziskovej organizácie uzavierali zmluvu. Pre samotný akt založenia neziskovej organizácie postačí, ak zakladatelia podpíšu zakladaciu listinu, ktorá musí obsahovať údaje uvedené v zákone. Vzhľadom na význam zakladacej listiny sa vyžaduje osvedčenie pravosti podpisov všetkých zakladateľov neziskovej organizácie. Štatút musí byť podpísaný všetkými zakladateľmi. V čestnom vyhlásení musia zakladatelia uviesť údaje o tom, v ktorých neziskových organizáciách pôsobili alebo pôsobia ako zakladatelia alebo členovia orgánov neziskovej organizácie. Návrh na zápis do registra obsahuje názov a sídlo, účel založenia a druh všeobecne prospešných služieb, meno a priezvisko a trvalý pobyt, resp. názov a sídlo zakladateľov, peňažné a nepeňažné vklady jednotlivých zakladateľov, meno, priezvisko a trvalý pobyt riaditeľa neziskovej organizácie a v prípade, ak sa nezakladá na určitý čas, aj čas, na aký sa organizácia zakladá. Novela zákona o neziskových organizáciách reagovala aj na problémy, ktoré v praxi vznikali so zaregistrovaním neziskových organizácií, ktoré mali poskytovať služby, ktorých podmienky poskytovania upravujú osobitné právne predpisy.

Služby upravené osobitnými predpismi
Ak má nezisková organizácia poskytovať služby upravené osobitnými predpismi, je povinná do 30 dní od splnenia podmienok ustanovených týmito osobitnými predpismi preukázať ich splnenie registrovému úradu. V praxi môže ísť o poskytovanie sociálnej pomoci alebo o poskytovanie zdravotníckej starostlivosti. Od 1. marca registrový úrad zaregistruje neziskovú organizáciu a neskúma splnenie podmienok na poskytovanie služieb upravených osobitnými právnymi predpismi. Nesplnenie tejto povinnosti zo strany neziskovej organizácie zakladá dôvod na zrušenie takejto organizácie.

Zrušenie neziskovej organizácie
V prípade, ak nezisková organizácia neposkytuje všeobecne prospešné služby dlhšie ako 12 mesiacov, ak nespĺňa podmienky pre poskytovanie služieb podľa osobitných predpisov alebo výdavky (náklady) neziskovej organizácie sú neprimerane vysoké voči rozsahu poskytovaných všeobecne prospešných služieb, súd na návrh štátneho orgánu alebo osoby, ktorá osvedčí právny záujem, rozhodne o zrušení neziskovej organizácie. Novela zákona súčasne určila, že ak nezisková organizácia bola zrušená súdom z dôvodu neprimerane vysokých výdavkov, môžu osoby, ktoré boli jej zakladateľmi alebo členmi jej orgánov, založiť ďalšiu neziskovú organizáciu najskôr po uplynutí troch rokov od vyrovnania záväzkov.

Orgány
Najvyšším orgánom neziskovej organizácie je správna rada, ktorá volí a odvoláva riaditeľa, ktorý je štatutárnym orgánom organizácie, schvaľuje rozpočet neziskovej organizácie, schvaľuje ročnú účtovnú závierku a výročnú správu o činnosti a hospodárení a pod. Kontrolným orgánom neziskovej organizácie je dozorná rada (revízor). Kontrolný orgán preskúmava ročnú účtovnú závierku a výročnú správu, kontroluje vedenie účtovníctva a iných dokladov, upozorňuje správnu radu na zistené nedostatky a podáva návrhy na ich odstránenie. Dozorná rada musí byť ustanovená, ak majetok neziskovej organizácie je vyšší ako 5 000 000 Sk alebo ak súčasťou jej majetku je prioritný majetok. Ak nie je ustanovená dozorná rada, jej pôsobnosť vykonáva revízor. Majetok neziskovej organizácie sa môže použiť len v súlade s podmienkami určenými v zakladateľskej listine alebo v štatúte a na úhradu výdavkov (nákladov) neziskovej organizácie. Výšku výdavkov neziskovej organizácie určuje správna rada každoročne v rozpočte v miere nevyhnutnej na zabezpečenie činnosti neziskovej organizácie.

Prioritný majetok
Zákon č. 35/2002 Z. z. zaviedol inštitút prioritného majetku. Prioritným majetkom je tá časť majetku, ktorú vkladá štát ako zakladateľ alebo spoluzakladateľ do neziskovej organizácie podľa osobitného zákona, určená výlučne na zabezpečenie všeobecne prospešných služieb. Inštitút prioritného majetku bol vytvorený z dôvodu začatia procesu transformácie štátnych rozpočtových a príspevkových organizácií na neziskové organizácie poskytujúce všeobecne prospešné služby. Prioritný majetok nemožno založiť ani inak ho použiť na zabezpečenie záväzkov neziskovej organizácie alebo tretej osoby, nemožno ho predať, darovať ani prenechať do nájmu alebo do výpožičky.

Výročná správa
Nezisková organizácia poskytujúca všeobecne prospešné služby je podobne ako nadácia povinná vypracovať výročnú správu. Výročná správa okrem iného obsahuje prehľad činností vykonávaných v kalendárnom roku, ročnú účtovnú uzávierku, prehľad o peňažných príjmoch a výdavkoch a pod. Jeden výtlačok výročnej správy zasiela nezisková organizácia registrovému orgánu do 15. júla príslušného kalendárneho roka.

Účtovníctvo
Zákon stanovuje pre neziskovú organizáciu povinnosť viesť vo svojom účtovníctve oddelene výnosy a náklady spojené so všeobecne prospešnými službami, výnosy a náklady spojené s podnikateľskou činnosťou. Ak dotácie zo štátneho rozpočtu, z rozpočtu obce alebo štátneho fondu prekročia ročne jeden milión korún, prípadne všetky príjmy neziskovej organizácie prekročia päť miliónov korún, ročná uzávierka musí byť overená audítorom. V tomto prípade je organizácia povinná zaslať do 15. apríla výtlačok ročnej účtovnej závierky overenej audítorom na zverejnenie v Obchodnom vestníku.

Podnikanie neziskových organizácií
Zákon č. 213/1997 Z. z. o neziskových organizáciách poskytujúcich všeobecne prospešné služby povoľuje týmto organizáciám podnikať za podmienky, že touto činnosťou sa dosiahne účelnejšie využitie jej majetku a nebude ohrozená kvalita, rozsah a dostupnosť služieb, pre ktoré bola organizácia založená. Zisk z podnikania nesmie byť použitý v prospech zakladateľov, členov orgánov neziskovej organizácie, ani jej zamestnancov a musí byť v celom rozsahu po zdanení použitý na zabezpečenie všeobecne prospešných služieb. Predmetný zákon súčasne stanovuje, že nezisková organizácia sa nemôže zúčastňovať na podnikaní iných osôb a nemôže uzatvárať zmluvu o tichom spoločenstve.