Jeden zo strojcov útokov na New York a Washington z 11. septembra 2001 Chálid Šejk Muhammad plánoval operáciu spolu s lídrom Al-Kajdy už od roku 1996 a pôvodne mali teroristi uniesť až desať lietadiel. Podľa amerického novinára Geralda Posnera mal pritom americký prezident Bill Clinton už vtedy možnosť bin Ládina nechať zatknúť alebo zabiť. Posnera o tom informoval vysokopostavený predstaviteľ administratívy.
Po preskúmaní záznamov z Muhammadových výsluchov tlačová agentúra Associated Press oznámila, že akcia mala prebiehať v niekoľkých vlnách. Počas prvej vlny malo 22 extrémistov uniesť štyri lietadlá a ďalšie útoky sa mali zorganizovať v spolupráci so spojencami Al-Kajdy z juhovýchodnej Ázie. Podľa scenára mali päť lietadiel uniesť na východnom a päť na západnom pobreží. Počas nasledujúcich rokov bin Ládin pôvodný plán niekoľkokrát zmenil - išlo o ideu zaútočiť rovnomerne na oboch pobrežiach a vo východnej Ázii.
Americké úrady podľa Fox News Channel pokračujú v preverovaní všetkých Muhammadových vyhlásení a snažia sa eliminovať dezinformácie. No mnohé zo získaných detailov sa údajne zhodujú aj s informáciami z výsluchov iných podozrivých. Muhammad, ktorého agenti Ústrednej spravodajskej služby (CIA) vypočúvajú na neznámom mieste, tiež vyšetrovateľom povedal, že mnoho ďalších teroristických komplotov je v štádiu plánovania, no stratégia niektorých bola jeho dolapením dočasne narušená. Záznamy jasne dokazujú, že Al-Kajdá sa pokúša nájsť spôsob, ako zaútočiť na USA, západné a izraelské ciele po celom svete.

Podozrivý duchovný
To, že Al-Kajdá je stále aktívna, môže dokazovať aj najnovší prípad armádneho kaplána zo základne na Guantáname, kde Američania zadržiavajú teroristov bin Ládinovej siete. Američan čínskeho pôvodu, kapitán Yousef Yee (narodil sa ako James, meno Yousef prijal po konvertovaní z kresťanstva na islam), čelí potenciálnemu obvineniu zo špionáže a z vlastizrady, keďže agenti Federálneho úradu pre vyšetrovanie (FBI) uňho objavili podozrivé dokumenty. Údajne sa medzi nimi nachádzali aj náčrty väzenia. Bez formálneho obvinenia ho môžu väzniť dva mesiace, pričom v súčasnosti sa nachádza v zariadení, kde zadržiavajú aj dvoch ďalších neslávnych podozrivých. Yasera Esama Hamdiho, arabského Američana, ktorý bojoval na strane Talibanu, a Josého Padillu, ktorý v Spojených štátoch plánoval útok tzv. špinavou jadrovou bombou. Hovorca americkej armády Thomas Crosson pre MSNBC povedal, že "ide o prvého amerického vojaka, ktorého zadržali v podobnom prípade od začiatku vojny proti medzinárodnému terorizmu". No už v roku 1999 obvinili a následne odsúdili Aliho Mohameda, armádneho seržanta, ktorý pracoval pre egyptský Islamský džihád (súčasť siete Al-Kajdá).

Saddám a 11. september
V amerických médiách zároveň pokračuje diskusia o prepojení Al-Kajdy s irackým režimom Saddáma Husajna a o tom, akú rolu mohol Bagdad zohrávať pri plánovaní 11. septembra. Podľa mnohých prieskumov verejnej mienky až dve tretiny Američanov veria, že za útokmi stál Saddám a ich domnienku nedávno vo vysielaní NBC nepriamo potvrdil aj vicprezident Dick Cheney. Spustil tým neuveriteľnú búrku a predstavitelia administratívy od ministra obrany Donalda Rumsfelda, cez poradkyňu pre otázky národnej bezpečnosti Condoleezzu Riceovú až po samotného prezidenta Georgea W. Busha museli Cheneyho indície verejne dementovať. "Administratíva nemá v tomto smere žiadne dôkazy," zneli zhodne ich slová.
Cheney povedal, že české úrady sa domnievajú, že ďalší strojca útoku Muhammad Atta sa päť mesiacov pred 11. septembrom v Prahe stretol s významným predstaviteľom irackej tajnej služby a že toto tvrdenie síce nikto nepotvrdil, ale ani nevyvrátil. No ako týždenník Newsweek informovali zdroje z prostredia CIA a FBI, americké spravodajské služby sú presvedčené, že pražské stretnutie sa nikdy neuskutočnilo a Atta bol v tom čase v USA. A hoci niektorí českí predstavitelia môžu kontroverznú domnienku stále potvrdzovať, spomínaný iracký agent Ahmed al-Ani je v americkej väzbe a jeho prepojenie na Attu vyšetrovanie nepreukázalo.
Dohady o možnom prepojení zintenzívnila aj žaloba rodiny tragicky zosnulého bezpečnostného šéfa Svetového obchodného centra Johna O´Neilla proti Iraku. V texte žaloby sa totiž uvádza, že Atta sa v Hamburgu stretol s dvoma irackými špiónmi, no stanovisko nemeckých bezpečnostných služieb znie jasne: "Žiadne informácie tohto druhu nemáme." A tak pravdepodobne aj bublina, ktorú nafúkol Cheney, praskne a vyšumí do prázdna.