Nominácia prezidenta Georgea W. Busha na post nástupcu Alberta Gonzalesa bola až do tohto týždňa ohrozená, pretože Mukasey sa odmietol vyjadriť k tomu, či simulované topenie (tzv. waterboarding) predstavuje mučenie, ktoré americkí vyšetrovatelia po útokoch 11. septembra 2001 v niektorých prípadoch používali na získanie informácií od podozrivých v rámci "vojny proti terorizmu".
Americký prezident zákonodarcov kritizoval za to, že od Mukaseyho žiadali vyjadrenie svojho postoja k tejto kontroverznej vyšetrovacej metóde. Bush vyhlásil, že tieto otázky sú "nefér", pretože Mukasey vzhľadom na dôvernosť informácií "nevie, či túto techniku používame, alebo nie". Mukasey slúžil 19 rokov ako federálny sudca v New Yorku a má blízke vzťahy s bývalým starostom New Yorku a republikánskym prezidentským kandidátom Rudym Giulianim.
Gonzales, ktorého poslanci obvinili zo zavádzania Kongresu a zneužitia svojich právomocí, rezignoval 27. augusta.